授業の形態
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講義、演習又は実験
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アクティブラーニング
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フィールドワークなど学生が体験的に学ぶ
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授業内容と方法
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コロナウイルス感染時の重症化やがん、糖尿病などの生活習慣病へのかかりやすさは、個人のヒトゲノムに記された情報により担われている。本講義では、ゲノム情報の機能発現をデータサインス的アプローチで解析する手法を学ぶ。前半でヒトゲノムの機能発現機構の基礎とその情報の実験的取得方法(5コマ)、医学研究の実際(5コマ)を学習する。その後、演習方式で遺伝子発現情報のデータサイエンス的アプローチによる解析を体験する(5コマ)。解析は自身のPCで行う。
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URGCC学習教育目標
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自律性、情報リテラシー、問題解決力
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達成目標
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１）ゲノム情報の機能発現を理解する。[自律性、問題解決力]
２）ゲノム情報の取得方法を理解する。[自律性、情報リテラシー、問題解決力]
３）演習を通じて、公共データベースからのゲノムデータの入手と遺伝子変異の発見法、遺伝子発現データの入手法と比較法を体験する。[自律性、情報リテラシー、問題解決力]
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評価基準と評価方法
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評価基準：出席を含む小テストと演習レポート。演習レポートは講義中に記載方法から提出までを指導する。
評価方法：講義毎の小テスト（Webclass）と、演習レポートにより評価する。総合試験は実施しない。出席状況の取り扱いは、「琉球大学各学部共通細則」第14条第2項に従う。
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履修条件
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特になし。生物学系の学生だけでなく、物理・化学・工学系の学生、文系の学生も歓迎します。高校レベルの生物学の基礎から講義します。後半のデータサイエンス演習では、高校レベルの情報の基礎から講義し、遺伝子発現データの解析を体験します。解析のためノートPCが必要です。
2023年_授業アンケート
文系学科学生
・講義全体を通して、高校の時の生物を思い出し、ゲノム解析など、高校の時、疑問に思っていた、ことが学べました。また、ゲノム解析で一般的に使われるツールも詳しくなれました。生活習慣病など、実生活に活かせる知識もつきました。
・ハイレベルな話が聞けて、他の授業（マクロ生物学やプログラミング演習を含む情報科学演習など）とつながる感じも味わえたため、とても印象深い授業でした。特に生物学に興味がある身からすると、前半の分子生物学の話題が印象深いです。
工学系学科学生
・講義全体を通して、生命科学基礎や医学基礎研究、データ解析について学ぶことが出来た。特に、生命科学基礎や医学基礎研究については、普段あまり関わったり、勉強する機会がないため、とても良い機会であったと感じた。講義を通して、生命科学基礎や医学基礎研究といったことをもっと深く学んでみたいと感じた。
・全体を通して、基礎的な部分だとは思うものの自分にとっては難しく感じた。様々な研究内容を知れたのは興味、関心が湧いたし、複数の分野の繋がりを体感できていい勉強になった。
・私は高校生は生物基礎と生物を履修しておらず、入学後から生物（特に分子生物学）の勉強を始めたので高校から生物を勉強していた方々に比べたら知識の偏りがあったように思います。しかし、この講義では先生方が基礎から教えてくださいましたし、教科書も無理なく一人でも自学できるような本であったため半年を通して講義以外でも分子生物学について理解を深めることができました。途中ついていけなくなることが数回ありましたが、録画があったので、自分のペースで理解することができました。
農学系学科学生
・今回の初めての試みとみいたのですが、どの講義も生物を高校時に取っていた自分でもためになるような話が多いうえ、プログラミングにまでつながっていて、とても全体的にみてすばらしいものだと感じました。
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授業計画
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2024年10月1日 2版
共通教育棟2_101教室
授業時間は、4限目（14：40～16：10）
第１回 10月4日(金)：ゲノム情報発現の基礎1（山下暁朗、医学研究科）教科書1章～2章途中
第２回 10月11日(金)：ゲノム情報発現の基礎2（鈴木健夫、医学研究科）教科書2章～4章途中
第３回 10月18日(金)：ゲノム情報発現の基礎3（黒柳秀人、医学研究科）教科書4章～5章
第４回 10月25日(金)：ゲノム情報と遺伝子発現情報取得の基礎1_様々な実験法1（鈴木健夫、医学研究科）教科書6,7章
第５回 11月1日(金)：ゲノム情報と遺伝子発現情報取得の基礎2_様々な実験法2（山下暁朗、医学研究科）教科書8,9章
第６回 11月8日(金)：ゲノム情報と疾患の基礎1（山下暁朗、医学研究科）転写後制御を標的とした創薬
第７回 11月15日(金)：ゲノム情報と疾患の基礎2（黒柳秀人、医学研究科）mRNAスプライシングと疾患
第８回 11月22日(金)：ゲノム情報と疾患の基礎3（鈴木健夫、医学研究科）RNA修飾と疾患
第９回 11月29日(金)：ゲノム情報と疾患の基礎4（松下正之、医学研究科, 佐藤行人、医学研究科）
第１０回 12月6日(金)： ゲノム情報と疾患の基礎5（今村美菜子、医学研究科, 木村亮介、医学研究科）
オンライン限定：医学部における研究紹介
第１１回 12月13日(金)： ゲノム情報解析演習1 データベースからの情報/シークエンスデータの取得の体験（今井大達、鳥原英嗣、医学研究科）
第１２回 12月20日(金)： ゲノム情報解析演習2 模擬データを基にしたシークエンスデータ解析の体験（今井大達、鳥原英嗣、医学研究科）
第１３回 1月10日(金)： ゲノム情報解析演習3 模擬データを基にした発現解析の体験 (今井大達、鳥原英嗣、医学研究科）
第１４回 1月24日(金)： ゲノム情報解析演習4 模擬データを基にした発現解析の体験 (今井大達、鳥原英嗣、医学研究科）
第１５回 1月31日(金)： ゲノム情報解析演習5 AI学習の体験 (宮田龍太、工学部）
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事前学習
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事前学習：ゲノム情報発現の基礎：参考書「休み時間の分子生物学（講談社）ISBN：9784065201732」、ゲノム情報解析演習：「Python」というプログラム言語使い解析体験する。
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事後学習
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事後学習：ゲノム情報発現の基礎：参考書「休み時間の分子生物学（講談社）ISBN：9784065201732」、ゲノム情報解析演習：演習で行った解析を自宅で再度行う。
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教科書にかかわる情報
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9784065201732
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休み時間シリーズ
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黒田裕樹著
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講談社
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2021
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教科書全体備考
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参考書にかかわる情報
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9784816353499
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少し古いがとても分かりやすい。お勧めです。
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渡邊利雄著
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ナツメ社
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2013
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978-4065137437
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ブルーバックス, B-2163 . カラー図解アメリカ版新大学生物学の教科書|| 第1巻
イラストが豊富で分かりやすい。
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D・サダヴァ他著 ; 石崎泰樹, 中村千春監訳・翻訳 ; 小松佳代子翻訳
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講談社
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2021
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978-4065137444
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ブルーバックス, B-2164 . カラー図解アメリカ版新大学生物学の教科書||第2巻
イラストが豊富で分かりやすい。
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D・サダヴァ他著 ; 中村千春, 石崎泰樹監訳・翻訳 ; 小松佳代子翻訳
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講談社
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2021
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978-4065137451
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ブルーバックス, B-2165 . カラー図解アメリカ版新大学生物学の教科書||第3巻
イラストが豊富で分かりやすい。
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D・サダヴァ他著 ; 石崎泰樹, 中村千春監訳・翻訳 ; 小松佳代子翻訳
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講談社
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2021
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978-4758122672
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演習はこの参考書からですが、プログラムの基本は、高校の情報などの教科書で学びましょう。
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坊農秀雅編集
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羊土社
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2023
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参考書全体備考
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使用言語
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日本語
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メッセージ
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高校生物レベルの基礎からmRNAワクチンの仕組みまでを文系や化学・工学系を含む初学者に向け講義します。
その後、最先端の医学研究を文系や化学・工学系を含む初学者に向け紹介します。
その上で、PCを用いて私たちのゲノム情報の解析を体験します。
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オフィスアワー
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月曜日 13:00以降
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メールアドレス
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URL
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医学研究科 先進医療創成科学講座：https://yamashita-lab.labby.jp/
医学研究科 生化学講座：https://biochem.med.u-ryukyu.ac.jp/
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